Stockでは、「編集履歴機能」を利用する場合に備え、一度添付したファイルは削除後もシステム側で保持した仕様としております。
(有料プランの機能にはなりますが、後から、消してしまったノートの内容・ファイルを復元できる機能です)
そのため、下記いずれかの方法をお試しください。
①ファイルが添付されているノート自体を削除する
②有料プランに申し込む